Kasus keracunan makanan dalam program MBG terjadi secara beruntun di sejumlah daerah dalam sebulan terakhir. Hal ini menjadi alarm untuk mengevaluasi tata kelola program secara menyeluruh. Pada sejumlah kasus, hasil uji laboratorium terhadap sampel makanan MBG dan muntahan siswa menunjukkan adanya kontaminasi bakteri.